Die Windjammer gingen aus dem Klipper hervor, von dem z. B. der Klipperbug übernommen wurde. Sie sind jedoch nicht ausschließlich auf Geschwindigkeit ausgelegt, sondern in Richtung ökonomischer Transport optimiert, da sie vor allem Massengüter wie Salpeter, Kohle, Guano, Weizen oder Zement transportierten.

Auch empfindliche Güter, die man der ständigen Erschütterung der Dampfmaschinen nicht aussetzen wollte, wurden noch Segelschiffen anvertraut. Die Preußen hatte zum Beispiel auf ihrer letzten Fahrt Klaviere als Fracht. Die Schiffe hatten daher einen vergleichsweise rechteckigen Rumpf mit geräumigen Laderäumen und eine Besegelung, die mit weniger Personal auskam. Die Tragfähigkeit verdreifachte sich dadurch im Vergleich zu den Klippern. Die Windjammer waren Schiffe der frühen Industrialisierung und profitierten daher schon von den Errungenschaften industrieller Produktion wie Rümpfen und Masten aus Eisen oder Stahl, Stahlseilen für die Takelung und Winden an Deck zur Arbeitserleichterung.

Hilfsdampfmaschinen zur Bedienung von Ladegeschirr und Pumpen wurden ebenfalls installiert. Ein gemischter Antrieb mit Segel und Maschine kam versuchsweise zum Einsatz, bewährte sich aber nicht. Windjammer waren als Bark und Vollschiff mit drei oder vier Masten getakelt, Fünfmaster blieben die Ausnahme. Die zuletzt in Deutschland gebauten Viermastbarken waren typischerweise 100 Meter lang, hatten 3.000 Bruttoregistertonnen (BRT) und 4.000 Tonnen Tragfähigkeit bei etwa 40 Mann Besatzung. Windjammer werden auch als Tiefwassersegler bezeichnet, was zum Ausdruck bringen soll, dass sie für interkontinentale Reisen über die tiefen Ozeane gedacht sind. Für Fahrten in küstennahen Gewässern sind sie schlecht geeignet und meist auf Schlepper angewiesen, da sie durch die Takelung mit Rahsegeln schlecht kreuzen können. Dies ist auf den Ozeanen selten notwendig, da die Routen anhand der vorherrschenden Winde gewählt wurden. Die Windjammer standen in direkter Konkurrenz zu den Dampfern, die schon weite Bereiche der Schifffahrt erobert hatten und Segler in immer kleiner werdende Nischen drängten.

Die Domäne der Großsegler waren überlange Distanzen, die wegen des Brennstoffproblems durch Dampfer noch nicht ökonomisch bedient werden konnten. Dazu zählte vor allem die Salpeterfahrt von Chile nach Europa um die Südspitze Südamerikas, dem Kap Hoorn, oder der Weizentransport aus Australien. Während die damals führende Schifffahrtsnation Großbritannien sehr schnell ihre Handelsflotte auf Dampfer umstellte, fanden die Windjammer in Frankreich und Deutschland noch ihre Anhänger. In Deutschland wurden vor allem die so genannten Flying-P-Liner der Hamburger Reederei F. Laeisz berühmt. In Frankreich war die führende Reederei mit Segelschiffen Bordes & Fils.

Im Ersten Weltkrieg gingen viele Windjammer verloren, was das Ende der Frachtschifffahrt unter Segeln besiegelte. Als letzter unterhielt der finnische Reeder Gustaf Erikson bis nach dem Zweiten Weltkrieg noch eine Flotte von Windjammern für die Frachtfahrt. Erst Mitte des 20. Jahrhunderts verschwanden die letzten frachtfahrenden Großsegler von den Meeren. Die letzten drei Großsegler – allesamt Viermastbarken – waren die beiden ehemaligen Flying P-Liner Pamir und Passat und die Drumcliff. Die Pamir sank am 21. September 1957, die Passat wurde wenige Wochen später außer Dienst gestellt. Ein Jahr später, am 26. Juni 1958 sank die Drumcliff unter ihrem letzten Namen "Omega" mit einer Ladung Guano vor der Küste Perus.

Das Schiff war zu diesem Zeitpunkt 71 Jahre in Fahrt und der letzte Großsegler in Frachtfahrt, der unterging. Der letzte als Frachtsegler gebaute Windjammer war die 1926 bei F. Laeisz in Dienst gestellte Padua. Danach wurden noch einige Windjammer für Schulungszwecke der Handels- und Kriegsmarinen gebaut, die vielfach noch heute im Einsatz sind. In der jüngsten Zeit folgten wieder einige Neubauten als Ersatz für die in die Jahre gekommenen Schulschiffe und als luxuriöse Kreuzfahrer, wie die Royal Clipper.